Urodziła się 17 kwietnia 1943 r. w Kępnie. Po ukończeniu szkoły podstawowej, a następnie Liceum Ogólnokształcącego w 1960 r. rozpoczęła studia na wydziale lekarskim. Dyplom lekarza uzyskała w 1966 r., po czym, po ukończeniu stażu podyplomowego w 1969 r. rozpoczęła pracę najpierw w Poradni Ogólnej w Poznaniu, a w1971 r. podjęła pracę na stanowisku asystenta w Instytucie Ginekologii i Położnictwa AM w Poznaniu. Tytuł specjalisty I stopnia w dziedzinie ginekologii i położnictwa uzyskała w 1973 r. a w dwa lata później tytuł specjalisty II stopnia. W 1974 r. uzyskała stopień doktora nauk medycznych. Ukończyła także kursy podstawowy i doskonalący z zakresu cytologii onkologicznej. Kiedy w 1976 r. utworzono Klinikę Onkologii AM w Poznaniu przy ul. Łąkowej 1/2 , dr med. Janina Markowska przeniosła się tutaj i została zatrudniona na stanowisku adiunkta i zastępcy Oddziału Ginekologicznego, a w 1981 r., po śmierci prof. dr hab. med. Szczęsnego Simma objęła funkcję ordynatora. Od października 2002 r. pełni ona również obowiązki kierownika Kliniki Onkologii AM w Poznaniu. W 1977 r. ukończyła kurs z zakresu immunologii klinicznej pod auspicjami WHO w Czechosłowacji. W 1984 r. Rada Naukowa Centrum Onkologii im. M. Skłodowskiej - Curie w Warszawie nadała jej tytuł doktora habilitowanego, a w 1989 r. została ona powołana na stanowisko docenta. W 1993 r. została mianowana profesorem nadzwyczajnym, w pięć lat później uzyskała tytuł profesora zwyczajnego. Pani Profesor był kierownikiem specjalizacji trójki lekarzy, promotorem przewodów doktorskich jedenastu lekarzy, wygłaszała liczne wykłady i referaty w Polsce i za granicą, opublikowała w czasopismach polskich i zagranicznych 118 prac naukowych, 97 streszczeń a obecnie 3 prace są w druku.
Prof. dr hab. med. Janina Markowska jest członkiem European Society of Gynecological Onkology, Polskiego Towarzystwa Ginekologicznego, Polskiego Towarzystwa Immunologicznego.
Od 1994 r. jest ona prezesem Stowarzyszenia do Walki z Chorobą Nowotworową, od 1999 r. przewodniczącą poznańskiego oddziału Polskiego Towarzystwa Onkologicznego. Od 1998 r. jest członkiem FIGIJ ( Federation Internationale de Gynecologie Infantile et Juvenile ) w Szczecinie.
W 1999 r. decyzją Senatu Akademii Medycznej im. K. Marcinkowskiego w Poznaniu została powołana na członka Uczelnianej Komisji Wyborczej.
Od 1978 r. Pani Profesor otrzymała pięciokrotnie nagrodę Rektora Akademii Medycznej w Poznaniu, 1 raz nagrodę Ministra Zdrowia II stopnia za szczególne osiągnięcia w pracy dydaktyczno-wychowawczej i w dziedzinie nauki i w 1991 r. nagrodę zespołową Wydziału VI Polskiej Akademii Nauk za cykl prac nad mechanizmami promocji nowotworowej i możliwościami wykorzystania czynników antypromocyjnych w leczeniu stanów przedrakowych.
Prof. dr hab. med. Janina Markowska wraz z zespołem lekarzy pracujących na oddziale i we współpracy z naukowcami z innych ośrodków, jest redaktorem książek:

" Rak jajnika" wydanej przez Springer PWN w 1997 r.
" Rak błony śluzowej trzonu macicy" wydanej przez Springer PWN w 1998 r.
" Rak szyjki macicy" wydanej przez Wydawnictwo Lekarskie PZWL w 1999 r.
" Rak sromu" wydanej przez Wydawnictwo Lekarskie PZWL w 2000 r.
" Mięśniaki macicy" wydanej przez Wydawnictwo lekarskie PZWL w 2000 r.
" Onkologia Ginekologiczna" wydanej przez Urban&Partner w 2002 r.